Vi spiego le mie necessità: il disco interno dell'iMac è sotto backup tramite Time Machine su un disco esterno. Fin qui tutto bene.
Il problema è che ho altri 2 dischi esterni di cui uno sempre acceso e l'altro che dovrei accendere la sera o alla fine di un lavoro per farci il backup del primo. I dischi sono da 1Tb e sono abbastanza affollati di roba.
Vorrei quindi un programma (possibilmente gratuito ma anche a pagamento però se pago voglio andare sul sicuro) che riesca a gestire tutta la mole di dati per il backup.

Ho usato per un po' iBackup. E' un bel programmino ma se gli si danno in pasto quasi 1Tb di dati rallenta lui e tutto il Mac (oltre a impiegarci non poco anche se è cambiato 1Mb).

Se non ti spaventa il terminale ho due proposte:

1) rsync se non ti servono i backup precedenti; oppure
2) rsnapshot se vuoi mantenere anche i backup precedenti.

Il primo è (credo) preinstallato e molto immediato nell'uso: in pratica è una sorta di cp "furbo", che copia dalla sorgente alla destinazione solamente i blocchi di byte cambiati. man rsync per info.

rsnapshot è un sistema più complesso che, grazie a rsync e all'uso degli hard links, riesce a fare più o meno lo stesso lavoro di Time Machine. Però devi perdere un minimo di tempo per configurarlo.

Non ho mai backuppato così tanti dati ma Superduper non mi ha mai dato problemi.

Superduper! è a pagamento, ma vale (a mio avviso) i soldi che costa.
L'alternativa è CarbonCopyCloner, free, che nella versione ultima funziona bene.